Les variants à Mayotte et les limites de circulation du virus épluchés par le conseil scientifique

La situation de Mayotte est relayée par les deux derniers avis du Conseil scientifique sur l’évolution de l’épidémie de Covid 19. Celui du 26 février est consacré à l’outre-mer, et celui du 11 mars à la mise en place de stratégies différenciées pour en venir à bout. On apprend qu’un nouveau variant est étudié sur notre territoire.

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La seule solution reste la vaccination

C’est le 3ème avis portant sur l’Outre-mer publié par l’organisation scientifique. Alors que l’épidémie se plait à faire des vagues un peu partout sur la planète, c’est aussi le cas à Mayotte où la situation a évolué vers le mieux depuis l’avis du 26 février, même si le bulletin a été actualisé le 8 mars.

Les premières préconisations portent sur la poursuite de « l’application rigoureuse » en outre-mer de la stratégie nationale en matière de distanciation sociale, et le maintien des motifs impérieux pour les voyages, « tant que la couverture vaccinale protectrice de la population ne sera pas atteinte. Continuer, voire renforcer, le dépistage du COVID-19, avant voyage et en fin de septaine, à l’aller comme au retour ».

Santé publique france, Mayotte
Mayotte a la plus faible population cible, ramenée à sa population…

On y recommande aussi en matière de variant, « un criblage systématique avec si possible un séquençage de tous les cas suspects de COVID-19 à Mayotte, à La Réunion, en Guyane et aux Antilles, tant qu’ils ne sont pas devenus majoritaires ». Pas toujours évident puisque, si l’avis du 11 mars du conseil scientifique nous apprend que le variant Sud-africain (SA) n’est pas majoritaire à Mayotte contrairement à ce qui avait été annoncé par l’ARS Mayotte, à moins que les données n’aient pas été actualisées – il circule à 45% chez nous et à 63% à La Réunion – on apprend aussi que « le séquençage des variants est mis en œuvre uniquement à La Réunion, Guadeloupe et Martinique et à un niveau limité », donc pas à Mayotte. A noter que Santé publique France avait publié une étude sur les séquençages. Car c’est ce qui permet d’identifier la présence de variants. Le variant britannique (UK) est très majoritaire aux Antilles (entre 76 et 100%).

Un passage sur la diffusion du virus concerne les écoles : « Les écoles ne semblent pas constituer des amplificateurs de transmission : la circulation du virus en milieu scolaire reflète plutôt celle qui est observée au sein de la collectivité. La meilleure façon de garder les écoles ouvertes est donc de réduire la transmission du virus dans la communauté. »

Mayotte à la traine pour les vaccinations

… Ce qui explique en partie une moindre proportion de vaccinés (tweet ministère de la santé)

Sur le plan de la vaccination, le Conseil scientifique retient le scénario qui prévoit une accélération des différentes phases de vaccination contre le COVID-19 sur tous les territoires ultramarins « compte tenu de leur vulnérabilité sanitaire, sociale et économique, et de la dynamique de pénétration des variants. Une attention particulière à Mayotte, la Réunion et en Guyane en raison des variants (…) en laissant la possibilité de vacciner l’ensemble de la population adulte rapidement et sans phasage sur certaines zones difficiles d’accès pour tenir compte des contraintes logistique et de ressources humaines. »

Dans un tweet publié ce mercredi, le ministère des Outre-mer fait le point sur l’avancée de la campagne vaccinale dans les Outre-mer. « A ce jour, explique le ministère, 193.440 doses de vaccin ont été livrées. 43,74% des doses ont déjà été utilisées ». Sur ce tableau, Mayotte n’est pas en pôle position des vaccinations, loin de là, mais quand on reprend le tableau du conseil scientifique, et que l’on calcule la proportion de population cible pour les vaccins sur l’ensemble de la population, on note qu’elle est moins importante à Mayotte (15%) que les 21% en Guyane, 30% à La Réunion et 37% aux Antilles.

Extrait de la carte de suspicion de présence de variant sud-africain

Présence d’un variant français à Mayotte

Dans son dernier avis du 11 mars que vient de rendre public le gouvernement, l’institution présidée par Jean-François Delfraissy, complète son analyse des outre-mer en soulignant que les populations qui y vivent sont « caractérisées par une plus grande vulnérabilité en raison de comorbidités plus fréquemment retrouvées, du niveau de pauvreté plus important, du coût économique élevé de l’isolement territorial et, pour certains territoires, de la pénétration plus rapide des variants. »

Elle apporte également une information inédite, sur la présence à Mayotte comme dans 6% des cas en métropole, d’un variant français (A27), « parmi les virus surveillés », « qui présente les mutations 501Y et 452R favorisant la transmission ». Il ne s’agit pas du variant breton, 20C, récemment découvert à Lanion (Bretagne).

A Mayotte, il est souligné « l’amélioration récente et relative » de la situation, qui « s’accompagne d’une baisse en pourcentage du variant SA, qui ne parait pas être remplacé par le variant UK ».

Si on avait appris des autorités scientifiques que le virus avait muté environ 4.000 fois dans le monde, justifiant la présence de variant, le conseils scientifique se penche sur leurs limites : « Il est intéressant d’observer que cette évolution virale survient de manière quasi simultanée dans différentes régions de la planète. Par analogie avec d’autres virus et de situations antérieures, il est possible d’échafauder l’hypothèse que ces virus subissent une pression de sélection immunitaire qui entraine, en l’absence d’évolution virale, une baisse significative des possibilités de transmission. De ce fait, le virus développe des stratégies évolutives permettant de restaurer un potentiel de diffusion. » En clair, le virus se défend en mutant, ce qui n’est pas un scoop, mais connaîtrait donc une baisse naturelle de la transmissions, ce qui pourrait expliquer la diminution spectaculaire de la diffusion de l’épidémie fin février chez nous.

En attendant une autre mutation ?…

Consulter les avis conseil scientifique du 26_fevrier actualise 8 mars 2021  et avis conseil scientifique 11 mars 2021

Anne Perzo-Lafond

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